晋元兴三年(404年)三月至五月，东晋将领刘裕追击并击败了控制朝政的桓玄之战。桓玄是晋大司马桓温的儿子，袭父爵为南郡公，后义兴太守。玄嫌官小位卑，便弃官归荆楚。不久，夺取荆、江二州，控制长江中下游地区，不断威胁朝廷，先为楚王，再篡夺晋帝自立，国号楚，改元永始。起初，刘裕为建威将军、下邳太守，是桓玄的下属。桓玄想用刘裕巩固自己的帝位。刘志欲图玄，桓玄称帝后，骄奢荒奢，游猎无度，以至于百姓疲惫，朝野疲惫。于是刘裕与刘毅、何无忌等共谋兴复，便起兵攻桓玄。
作战经过
元兴三年(404年)二月，刘裕随徐兖州刺史，安成王桓修入朝。桓玄认为这种怀柔政策可以打消刘裕的不满，但刘裕暗中做了很多准备，加快了起兵的步伐。
不久，刘裕以旧伤复发为由，与何无忌同舟共济，密谋复兴晋室。于是，刘裕与弟弟刘道规、何无忌、沛郡人刘毅、平昌人孟昌、任城人魏咏之、高平人檀凭之、琅邪人诸葛长民、太原人王元德、陇西人辛胡兴、东莞人童厚等共同策划起兵。时桓修的弟弟桓宏守卫广陵，为将军和青州刺史。刘道规为桓宏中兵参军，孟昌为主簿。
刘裕暗中派刘毅到江北，起兵后与两人共杀桓红；诸葛长民为豫州刺史刁奎左军府参军。刘裕命令他杀死刁悝jy，占领历阳；王元德、辛胡星和童厚之在首都活动，认为他们应该这样做。是月，刘裕以游猎为由，与何无忌等人聚在一起，共有100多人。第二天早上，京口(今江苏镇江)城开业，刘裕和何无忌袭杀桓修。
广陵(今江苏扬州市)刘毅、孟昌等人攻杀桓弘。刘裕被推为盟主。北京传来的号召：夫治乱相因，理不常泰，狡猾肆虐，或值圣明。自我大晋，阳九屡构。自隆安以来，皇室一直难结。忠臣破虎口，贞良弊豺狼。叛臣桓玄，陵虐人鬼，阻兵荆营，肆虐都邑。天未亡难，凶猛繁荣，逾年之间，遂倾皇佐。主播越多，流幸非所；神器沉沦，七庙毁坠。」这些年来，自玄篡逆，亢旱弥时，民无生气。
辅国将军刘毅、广武将军何无忌、镇北孟昌、兖州将军魏咏之、宁远将军刘道规、龙翔将军刘琦、振威将军檀凭等。他们忠诚地精贯白日，荷戈奋力拼搏，志在毕生。益州刺史毛曲，万里齐契，扫定荆楚。郭昌之，江州刺史，奉迎主上，宫于寻阳。镇北参军王元德等，并率部曲保证石头。扬武将军诸葛长民，收集义士，据历阳报道。等等，被征俘参军，潜相连，以为内应。同力协规，所在蜂起，即日斩伪徐州刺史安城王修，青州刺史弘首。
刘裕以孟昌守京口，率领1700多人驻扎在竹里(今江苏句容北)。桓修司马刁弘在刘裕部第一次克建康时，率文武佐吏前来救援。刁宏被刘裕吓倒了，不得不撤退。不久，刘毅率部众赶到，刘裕急命杀刁弘。刘毅的兄弟刘迈也在建康。刘裕起兵讨桓玄后，派同谋周安穆通报刘迈，要求他为内应。刘迈胆小怕事，表面敷衍周安穆，内心却不敢答应。周安穆看透了自己的心事，心里后悔，怕事情泄露，于是赶回报告刘裕。这时，桓玄任命刘迈为陵太守。刘迈不知道该怎么办，准备船马上上任。
阅信后，刘迈惊恐万分，以为桓玄已经知道刘裕的阴谋了。第二天一早就把事情全部托出来了。桓玄大吃一惊，封刘迈为重安侯，既然一想，刘迈就没有抓住周安穆，让周安穆逃跑，于是又杀了刘迈。桓玄以扬州刺史桓谦为征服大都督(见覆舟山之战)。桓谦等主张迎击刘裕，桓玄则认为：否则。彼兵速锐，计出万死。若行遣水军，不足相抗；若有虚跌，彼此成而吾事败！最好在覆舟山等屯大众。彼空行200里，无所措手，锐气已挫，即将到来，突然看到大军，一定会害怕震惊。我案兵坚阵，不与对抗。彼求战不得，自然散步。也是这个计划上的(宋书·武帝本纪)。桓谦力争出击，桓玄乃遣顿丘太守吴甫之，右卫将军皇甫敷自建康北攻京口。桓玄听说刘裕起兵，很害怕，有人劝他说：刘裕等众力很弱，怎么办才有成，陛下怎么担心？桓玄说：刘裕足是一生之雄，刘毅无担石之储，蒲家无忌，何，刘牢之类似其叔。共举大事，何谓无成？·武帝本纪)。
三月，刘裕和吴甫之在江乘(今江苏句容北)相遇。桓玄骁将军吴甫之，其兵甚锐。刘裕手持长刀，大呼而冲，所向披靡，斩吴甫之。刘裕追到罗落桥(今南京东北)。皇甫敷率数千人迎战刘裕，宁远将军檀凭之与刘裕各率一部，檀凭之战死，其众溃退。而刘裕则进战弥厉，奋勇无比，斩皇甫敷。桓玄闻到二将战死，大怕再遣桓谦和游击将军何丹之屯兵东陵(覆舟山东北)，侍中后将军卞范之驻军覆舟山以西，总兵力2万人。刘裕令部队饱食后，弃余粮，轻装入覆舟山以东，派老弱登山，张旗为疑兵，迷惑桓玄。桓玄急调武卫将军哈莱姆率精兵出援各军。醒谦的士兵多为北府人，素畏伏刘裕，所以莫有斗志。刘裕、刘毅等将军分为数队，突击桓谦军。刘裕身先士卒，将士全死战，一当百。时值东北风急，刘裕借风纵火，鼓噪震京邑(宋书·桓谦大败武帝本纪)。桓玄无意再战，带着子侄乘船沿江南下。刘裕率军进入建康(今南京)，并派诸将追击桓玄。刘裕入建康后，屯石头城立留台官，焚桓温神主于宣阳门外，重立晋新主在太庙，以示自己是东晋的救世主。并杀死桓氏宗族。桓玄司徒王静和大家推刘裕领扬州，刘裕心不在这里，拒绝接受。以王静为侍中、领导、扬州刺史、录书事；王静推裕为使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、八州军事、徐州刺史；刘毅是青州刺史；为什么无忌是琅邪内史；孟昌是丹阳尹；刘道规是义昌太守。刘裕一下重兵在握，这才答应下来。桓玄当权时，接下来是晋朝廷留下的烂摊子。史称当时百司放松，桓玄虽然想整理，但众不从之(宋书·武帝本纪)。到刘裕时却大不相同，因为是众望听归，他先以威禁内外，百官皆肃然奉职，二三天间，风俗顿改(宋书·武帝本纪)。在刘裕的主持下，朝廷内外都有振兴的气象。
一开始，刘裕家境贫寒，有一次刘裕和刁悝jy赌博，结果输了3万，刘裕还不起赌债，竟被刁悝jy绑在马桩上，遭受了耻辱。王静拜访了刁悝jy的家人，看到刘裕不平凡，就对刘裕说:《资治通鉴》·卷113)。王静为刘裕还债，刁悝jy才放刘裕。从此，刘裕和王静交了朋友。因为和王静的关系，虽然王静是桓玄的命臣，但刘裕并没有伤害王静。刘裕称帝后，对王氏家族甚至几代人都很厚。当时也有人看不起刘裕，认为他出身布衣，地位卑微，比如尚书左仆射王愉的儿子王绥，本来就是江左冠族。王绥少有重名，他对刘裕颇不服气，对这类人，刘裕纷纷铲除。桓玄战败后，逃到寻阳(今江西九江东北)。当月，晋安帝继续西奔。刘裕、刘毅、何无忌、刘道规等领军追讨(见刘裕击桓玄之战)。桓玄留将领何丹之等守口(今江西九江西北)。四月，刘裕加督江州诸军。今年4月，桓玄进入江陵(今属湖北)，加派将稚祖、桓道恭率数千人与何丹共守口。何无忌、刘道规兵到桑落洲(今江西九江东北)。何丹之立即率水师迎战。何无忌自知兵寡，便采取集中兵力击敌之弱的策略，大破何丹之，一举攻克口，进占寻阳。桓玄集荆州兵力2万余人，率军东进，以梁州刺史傅宏为前锋，派散骑常侍徐放先行，劝刘裕。刘毅、何无忌、刘道规等不足万人，自寻阳西上。
五月，与桓玄相遇在正荣洲(今湖北黄冈西北)，刘毅等以少击众，又因风纵火，击败桓玄主力，其余部分失败，夜烧行李逃跑。义熙元年(405年)正月，刘毅等到江津，破桓谦、桓振，收复江陵。三月，晋安帝司马德宗也抵达江陵，并下令：古称大人天地，其次是君臣，因此列贯三辰，神人代序，谅理本来是造昧，而运周于万叶。故盈否时袭，四灵通其变；王道或无知，贞贤拯其危。命运如此永固，人心如此攸穆。虽然夏、周中倾、赖颓、申、莽、伦载盗，但第二代是维，或乘资借号，或业隆异世，犹诗书以之休咏，记策为美谈。没有因心抚民，而诚发理应，援神器已沦，如果在今天的盛者也是如此。我以寡昧，被家不造，越自闵，属当屯极。逆臣桓玄，乘衅纵，凶猛肆虐，滔天狡猾的夏天。然后诬蔑人神，肆其篡乱。
战争点评
刘裕(363.4.16—422.6.26)，字德舆，昵称奴隶。祖先是彭城人(今江苏徐州市)，后来迁居京口(江苏镇江市)。南北朝宋朝的创始人历史上被称为宋武帝。中国历史上杰出的政治家、优秀的军事家和指挥官。