关于维吾尔族的族源，有不同的说法。维吾尔民族人根据自己的发展历史记载。本民族与突厥人同出，与匈奴人同出。他们是匈奴人单身的两个王子。他们带领下属逐渐形成了两个不同的民族：突厥人和维吾尔人。维吾尔人是维吾尔族的祖先，所以维吾尔语和其他突厥语基本相同，但发音不同。包括远离小亚细亚的土耳其语，与当地民族长期融合，与维吾尔语基本相同。维吾尔人到土耳其一个月就能完全学会土耳其语和阿塞拜疆语。他们听这两种语言和听哈萨克语等民族语言没什么区别，就像听方言一样。许多民族学家错误地认为，他们的祖先可以追溯到公元前3世纪北方游牧民族丁零以至铁勒。
“维吾尔”这个族名在中国不同历史时期的汉文文献中有不同的翻译。4世纪写作“袁静”，6世纪末7世纪初写作“维吾尔族”，788年前写作“维吾尔族”，788年至13世纪70年代改写为“维吾尔族”，13世纪70年代至17世纪40年代写作“胆小”，17世纪40年代至20世纪初称为“回族”或“纠缠”。还有人认为其族源可以追溯到公元前3世纪的“呼揭”、“乌揭”，甚至是古塔里木盆地的原始土著民族。
唐天宝三年(744年)回河消灭突厥汗国，居住在鄂尔浑河和色楞格河沿岸的回河人建立了回河汗国。其统辖范围包括贝加尔湖西南、叶尼塞河上游、阿尔泰山西南、天山以北、兴安岭以东等。后来占领了天山以南的一些地区，七河流域，真珠河(今锡尔河)、拨贺那(今费尔干纳)等地，与唐朝长期友好，两次派兵帮助唐平定安史之乱，多次与唐和亲。唐文宗开成五年(840年)，回吾汗国破灭，回吾部众除一小部分留在原居住地外，大部分被迫大迁徙。
分为南向西迁，南向主要分为两个分支，其中一个奔向河西走廊，与早在武则天南渡沙漠时迁居河西的回族人聚集在一起。建在甘州(今甘肃张掖)，被称为甘州回族或河西回族。